Après que tout signal fut perdu avec le Philadelphia, le protocole de sécurité du GDI donna le commandement aux forces de l'armée à la bannière d'aigle dorée au général Paul Cortez. Tacticien émérite, et commandant de la base Croix du Sud, ce dernier tenta de réactiver C.A.B.A.L. pour l'aider à retrouver le Tacitus dans un premier temps, puis se retrouve dans une guerre sans merci contre l'IA qu'on surnomme l'esprit de Kane. Il en vient finalement à bout avec l'aide du Nod et récupère ainsi le Tacitus et ses deux parties.
