Agile comme un lynx et aussi impénétrable qu'une énigme Zen, Sakura Obata est une femme avec des motivations très complexes, de vastes compétences et un passé brumeux avec son rival Kane. Son dernier job - garde du corps du général Gideon Raveshaw - pourrait paraître bizarre pour ceux connaissant les anciennes occupations assignées à Sakura pour l'équipe Dead-6 du GDI. Si vous aviez quelque chose à demander à Sakura, reine des arts martiaux, acrobate ou assassin, croiserait probablement les bras et vous regarderait fixement du regard, comme si vous aviez des explications à lui donner.
Comme pour Kane, les rumeurs se placent là où les explications manquent, comme son éducation stricte, donnée par des Yakusa où elle a appris à tuer, ce qui en fait un des assassins les plus populaires au monde. C'est aussi à cette époque qu'elle appris à mettre ses services au plus offrant et celui qui l'a le plus séduit se trouve aux États-Unis : la C.I.A. Elle travaillait pour le GDI dans une section secrète, avec Havoc et d'autres membres du Dead-6.
Sa mission: une infiltration dans un laboratoire de Tibérium de la Confrérie du Nod à Siwah, en Egypte. C'est seulement après le placement du C4 et la vue du laboratoire en question se transformer en une boule orange en fusion que Havoc et Sakura ont obtenu leur entrée. Un haut placé Libyen visitait le laboratoire, et sa mort dans l'explosion a rendu encore plus sensible les relations entre les 2 pays. Les accusations de complot, d'assassinats et de conspiration allaient bon train. Havoc et Sakura ont été immédiatement mis hors service.
Des mois plus tard, les membres du GDI ont été très embarrassés de voir réapparaître Sakura chez la Confrérie du Nod. Sa fidélité avait-elle été acheté par le Confrérie ou la possédait-elle en fait dès le début ? En effet, certains pensent que la trahison de Sakura n'en est en fait pas vraiment une, Sakura aurait été un agent double à la solde du Nod et aurait provoqué le fiasco de Siwah dans l'espoir que la plus grande menace pour la Confrérie soit renvoyé : Havoc.
Elle a été embauchée par le général Gideon Raveshaw comme mercenaire aux côtés de Carlos Mendoza, qui a montré un intérêt évident à Sakura (malgré sa tentative ultérieure de la tuer sous les ordres de Raveshaw), quelque chose que Nick Parker (avec qui elle a eu une liaison quand elle faisait partie du Dead-6) désapprouve fortement.
En tant que membre de la Main Noire, elle faisait partie du groupe qui a enlevé et escorté les spécialistes GDI du Tibérium au Guatemala. Quand ils ont été transférés dans une base aérienne dans les Alpes suisses, Obata réussit à repérer le capitaine Parker dans la soute d'un avion C-130 Hercules. Mise à la porte de l'avion par le commando du GDI, elle le prit en chasse dans un Comanche RAH-66 et abattit l'avion-cargo sur une île tropicale contrôlée par le Nod. Elle continua à traquer le capitaine Parker avec son hélicoptère de combat, mais a finalement été abattue et s'est écrasée sur l'île déclenchant une explosion volcanique. Elle a toutefois réussi à s'échapper de l'épave avant qu'elle ne soit consumée par le feu.
Elle est retournée chez son employeur et a eu pour mission de protéger les scientifiques dans le laboratoire souterrain d'un château de la Main Noire. Là, elle a réussi à tendre une embuscade au capitaine Parker une fois de plus. Lorsque le général Raveshaw entra dans la chambre, le commando a tenté d'utiliser Obata comme bouclier humain, mais le général Nod a ordonné à son bras droit, Mendoza, de les exécuter tous les deux. Elle a réussi à se libérer et s'échapper. Après la Première Guerre du Tiberium, Sakura Obata a disparu de la scène publique et est redevenue une mercenaire.
